Il Museo Diocesano sorge nella cornice dei chiostri di Sant’Eustorgio, parte integrante di uno dei più antichi complessi monumentali di Milano, costituito dall’insieme unitario della basilica e del convento domenicano, fioriti nel corso dei secoli in un’area significativa per la storia del cristianesimo milanese.
Sulla piazza Sant’Eustorgio si trova ancora oggi il leggendario fonte in cui san Barnaba intorno alla metà del I secolo avrebbe battezzato i primi milanesi, dando inizio alla chiesa locale.
Così come li vediamo oggi i due chiostri sono ciò che resta dell’antico convento domenicano che, protetto dalla famiglia Visconti, raggiunse il momento di massimo splendore nella prima metà del XV secolo. Il primo chiostro, contiguo alla basilica, è circondato su tre lati da un porticato con colonnine e deve la sua conformazione ad un intervento seicentesco. Il museo ha sede nel secondo chiostro, oggetto di gravi distruzioni belliche.